Su misión es mantener un nexo constante entre el sector público y privado para establecer de forma conjunta los lineamientos de corto, mediano y largo plazo que impulsen las relaciones comerciales del país con el exterior.

El COMEXI establece estrategias para incentivar al sector productivo con el objetivo de lograr la apertura de mercados y alienta la modernización del Estado. La institución fue creada en el marco de la Ley de Comercio Exterior e Inversiones (LEXI) y se busca la participación real del sector privado en su aplicación.

Además el COMEXI es la cabeza de los Sistemas Nacionales de Promoción Externa y de Promoción de Inversiones, este último creado por la Ley de Promoción y Garantía de las Inversiones, que se dirigen a establecer una institucionalidad y un esquema de coordinación a nivel del país que permita un uso adecuado de los recursos humanos, técnicos y económicos disponibles en la tarea de venta de la imagen del Ecuador en el exterior y sobre todo un desarrollo eficiente de las actividades de fomento y diversificación de las exportaciones y atracción de inversión extranjera directa hacia los sectores productivos.